La flora de los Pirineos incluye alrededor de 4500 especies, de las que 160 son especies endémicas.
La influencia mediterránea hace que el pirineo oriental y sur, más soleado, tengan una composición florística diferente del resto de la cordillera. La orientación de oeste-este de la cordillera hace que un gran número de especies que estaban presentes en el norte de esta región durante la era terciaria hayan desaparecido debido al frío de la última gran glaciación.
El clima determina la flora de los Pirineos.